Sin embargo, decide regresar a Viena para dedicarse al estudio de la filosofía, entrando en contacto con F. Brentano, estudioso de Aristóteles y la escolástica que ya había formulado una teoría sobre la intencionalidad.
Continua sus estudios en la Universidad de Halle, recibiendo el doctorado en 1887 con la tesis Sobre el concepto de número. A partir de este año, comienza su labor docente en dicha Universidad coincidiendo con el primer período de su vida intelectual, que se extenderá hasta 1901 y en la que Husserl va abandonando paulatinamente el psicologismo para abrazar la reflexión fenomenológica. De este primer período son sus obras: Filosofía de las matemáticas e Investigaciones lógicas (1900-1901), obra claramente antipsicologista.
A partir de 1901 Husserl da clases en la Universidad de Gotinga y utiliza la fenomenología no sólo como método, sino como ciencia (filosofía), cuyas tesis se plasman a través de los cursos: Idea de la fenomenología. 5 lecciones y en las obras: La filosofía como ciencia estricta, Ideas relativas a una fenomenología pura y Filosofía fenomenológica.
El tercer período de su pensamiento comienza en 1916, cuando ocupa la cátedra en la Universidad de Friburgo de Brisgovia hasta 1933, época en la que abandona la docencia debido a la subida de los nazis al poder, sufriendo las consecuencias de las persecuciones por su origen judío.
Husserl se dedica a configurar una fenomenología trascendental, en controversia con la interpretación que habían dado a la misma discípulos suyos como Heidegger (que se adhirió al nacional-socialismo y ocupó la cátedra dejada por Husserl), Gadamer, Levinas, Sartre y Marcuse entre otros. De este período datan sus obras: Lecciones sobre la conciencia inmanente del tiempo, Lógica formal y trascendental, Ensayo de una crítica de la razón y La crisis de las ciencias europeas. En esta misma época imparte sus cursos: Meditaciones metafísicas y Filosofía primera.
Retirado del ejercicio docente, Husserl muere en Friburgo el 27 de abril de 1938, dedicando sus últimos días al examen de sus escritos y a dar conferencias en Viena y Praga. Pese a que no se exilió, la obra de Husserl fue trasladada a Lovaina, lo que evitó su destrucción por los nazis.

La crisis de la ciencia
La crisis de fundamentos a la que habían llegado la filosofía y la ciencia se debía, al parecer de Husserl, al culto a los hechos, a lo fáctico, empírico y relativo que habían llevado a cabo tanto el positivismo como el naturalismo (para el que todo es naturaleza física), el historicismo (la filosofía es una creación histórica) y el psicologismo (que redujo el pensamiento filosófico a la psicología y que trataba de explicar todo acto y contenido de la mente como si fueran procesos psíquicos).
Husserl denuncia que el psicologismo (una versión del positivismo) conduce necesariamente al relativismo y al escepticismo. Si todo se reduce a procesos psíquicos, incluso las leyes de la lógica, inevitablemente nuestros juicios no podrán poseer una validez necesaria y universal (características de la ciencia), quedándose en el ámbito de la mera probabilidad.
Para que la filosofía pueda convertirse en una ciencia estricta, hay que rebatir ciertos presupuestos del psicologismo, sobre todo los que atañen a las leyes del conocimiento, de la lógica y su contenido. Aunque las reglas del proceder de la mente son subjetivas, la lógica trata de las verdades objetivas y universales, su contenido no es reducible a un acto o fenómeno psíquico. Como alternativa capaz de otorgar validez universal a la filosofía, Husserl propone el método fenomenológico o la fenomenología, que más que una doctrina totalitaria o un sistema filosófico concreto es una actitud crítica y radical para enfrentarse con las cosas, con la realidad fáctica que la experiencia nos otorga.

El método fenomenológico
La fenomenología es una actitud y también un método para conocer la realidad de una manera objetiva, no quedándose en una mera explicación de los hechos (positivismo), sino adentrándose en su propio núcleo constituyente: las esencias de las cosas.
Hemos de ir a las cosas mismas, pero éstas no consisten más que en ser un aparecer, un mostrarse, una manifestación en la que se aparece todo aquello a lo que le atribuimos "ser". Los fenómenos no se refieren a algo exterior, extramental. No hay ningún noúmeno (cosa en sí) detrás del fenómeno y éste no es apariencia de ser, no es imagen o representación de "algo" distinto a su propio "aparecer".
Ahora bien, el aparecer tiene lugar en la conciencia y ésta no puede ser concebida como un "ente" o substancia determinada ni siquiera como un ámbito en el cual aparecen las representaciones que concuerdan o no con las cosas "exteriores". Atenerse a las cosas mismas, a lo que se muestra ello mismo supone, por un lado, despojar todos los elementos extraños y añadidos no sólo al fenómeno, sino a la conciencia misma. La fenomenología es una depuración.
La conciencia de la que habla Husserl, se apoya en ciertos presupuestos ya postulados por su maestro Franz Brentano (1838-1917) que con anterioridad había tratado el problema de la intencionalidad. Ésta es entendida por Husserl como una referencia a, un dirigirse hacia algo (lo que se aparece) que no es ella misma, sin aparecerse jamás la propia conciencia.
La conciencia es intencional porque siempre tiende (tender en latín se dice intentio) hacia algo, constituyendo al objeto como objeto y descartando su existencia "extramental". El objeto no es algo "real", sino "ideal", lo cual no significa que sea subjetivo.
Husserl distingue entre los actos mediante los cuales la conciencia tiende hacia su objeto y que tiene distintos modos de ser representados (pensar, temer, desear, representar, etc.) y al contenido de esos actos (lo pensado, lo temido, etc.) o término de la referencia. El primero es la nóesis, que es un acto subjetivo de la conciencia. El segundo es denominado nóema, y es un aspecto objetivo de la conciencia. Cuando hacemos una multiplicación, distinguimos efectivamente entre el acto psiquico de pensar (nóesis) y el contenido de ese pensamiento (3x8). La certeza de la multiplicación 3x8 depende de la verdad del enunciado, no del acto psíquico de pensarlo. En definitiva, es el nóema el que valida y explica la nóesis.

La triple reducción fenomenológica
La tarea fundamental de la fenomenología consiste en atenerse exclusivamente a lo dado, desprendiéndolo de todo ropaje superfluo o añadido que no le pertenezca esencialmente. Esto supone suspender, "poner entre paréntesis" la cuestión de la existencia extramental, la exterioridad, que, al decir de Husserl, es algo que acontece en la propia conciencia. En esto consiste fundamentalmente la epojé que se lleva a cabo en la reduccion fenoménica o externa, en abstenerse de emitir un juicio acerca de la cuestión de la existencia, tomándola exclusivamente como un aparecer en mi conciencia.
La segunda reducción, la eidética, trata de buscar la esencia de las cosas, cuya existencia se infiere del hecho mismo de eliminar el problema de la existencia extramental y que se realiza mediante la intuición, o manifestación directa e inmediata de los límites dentro de los cuales algo podría variar sin dejar de ser lo que es (esencia).
Todo lo accidental y contingente se suprime hasta llegar al núcleo invariable que permite la identidad de algo a pesar de sus cambios y que constituye sus características universales y necesarias. La esencia es denominada también eidós y no se capta por abstracción sino mediante una intuición que nos remite a lo absolutamente real y necesario.
En la reducción trascendental es la conciencia misma , entendida como substancia, como "yo", la que sucumbe. El yo se hace ahora conciencia pura, "yo trascendental" que consiste en ser un percatarse, un darse cuenta de la presencia de algo, de las esencias, por encima de lo meramente empírico, psicológico y contingencial.
La conciencia nunca se muestra a sí misma, nunca se revela, no es un objeto ni puede ser pensado como tal.